De Havendagen Zierikzee worden georganiseerd door de Stichting Promotie Havendagen Zierikzee. Dit is een stichting van de Vissers uit Zierikzee en de Visserijvereniging Helpt Elkander. Binnen de stichting wordt samengewerkt met alle belanghebbenden binnen de Havendagen.
Het dagelijks bestuur wordt gevormd door Jaap Schot (voorzitter), Taco Meeles (penningmeester) en Emmely Schot ( secretaris )